本處於100年7月31日配合臺北市政府組織自治條例暨編制表修正及本處組織規程暨編制表訂定，由原隷屬臺北市政府下設之秘書處層級，升格改制為一級機關。成立初期設有總務組、文書組、國際事務組、機要組、視察及動員組、市民服務組、媒體事務組、人事室、會計室、政風室等計7個組及3個室。
106年7月1日進行組織修編，將原視察及動員組所轄業務全民防衛動員準備（含全民國防教育）、民眾控案、陳情、檢舉之調查、處理等業務分別移撥本府教育局、兵役局及研考會，刪除「視察及動員組」及其業務掌理事項；另「視察及動員組」未移撥之業務，由本處總務組掌理。
106年7月1日進行組織修編，將原視察及動員組所轄業務全民防衛動員準備（含全民國防教育）、民眾控案、陳情、檢舉之調查、處理等業務分別移撥本府教育局、兵役局及研考會，刪除「視察及動員組」及其業務掌理事項；另「視察及動員組」未移撥之業務，由本處總務組掌理。
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